1. Căn cứ điểm c, khoản 1 Điều 3 Nghị định số 204/2004/NĐ-CP ngày 14/12/2004 của Chính phủ về chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang:

         “c) Cán bộ, công chức, viên chức giữ chức danh lãnh đạo (bầu cử, bổ nhiệm) nào thì xếp lương chức vụ hoặc hưởng phụ cấp chức vụ theo chức danh lãnh đạo đó. Nếu một người giữ nhiều chức danh lãnh đạo khác nhau thì xếp lương chức vụ hoặc hưởng phụ cấp chức vụ của chức danh lãnh đạo cao nhất. Nếu kiêm nhiệm chức danh lãnh đạo đứng đầu cơ quan, đơn vị khác mà cơ quan, đơn vị này được bố trí biên chế chuyên trách người đứng đầu thì được hưởng thêm phụ cấp kiêm nhiệm.”

2. Quy định cụ thể về điều kiện, nguyên tắc hưởng phụ cấp, mức phụ cấp và cách tính trả được quy định tại Mục II, Mục III Thông tư số 78/2005/TT-BNV ngày 10/8/2005 của Bộ Nội vụ hướng dẫn thực hiện chế độ phụ cấp kiêm nhiệm đối với cán bộ, công chức, viên chức kiêm nhiệm chức danh lãnh đạo đứng đầu cơ quan, đơn vị khác.

Theo đó, trường hợp Ông A đang giữ chức danh lãnh đạo (Phó Trưởng Ban) và thuộc biên chế trả lương của Ban quản lý khu kinh tế tỉnh nhưng đồng thời kiêm nhiệm chức vụ Trưởng Ban quản lý cửa khẩu quốc tế (là đơn vị sự nghiệp thuộc Ban quản lý khu kinh tế tỉnh) thì Ban quản lý khu kinh tế tỉnh là đơn vị chi trả tiền lương và phụ cấp kiêm nhiệm cho ông A. (nếu đủ điều kiện hưởng phụ cấp kiêm nhiệm).

3. Căn cứ Nghị định 141/2016/NĐ-CP ngày 10/10/2016 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác (Nghị định 141/2016/NĐ-CP), hàng năm, sau khi hạch toán đầy đủ các khoản chi phí, nộp thuế và các khoản nộp ngân sách nhà nước khác (nếu có) theo quy định, phần chênh lệch thu lớn hơn chi thường xuyên (nếu có), đơn vị được sử dụng để trích lập quỹ bổ sung thu nhập và quỹ khen thưởng (sau khi đã trích lập quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp).

Cơ sở để trích lập Quỹ bổ sung thu nhập căn cứ quỹ tiền lương, ngạch bậc chức vụ và các khoản phụ cấp do Nhà nước quy định đối với đơn vị sự nghiệp công. Mức trích cụ thể theo quy định tại khoản 3 Điều 12, khoản 3 Điều 13, Khoản  3 Điều 14 và khoản 3 Điều 15 Nghị định 141 theo mức độ tự chủ tài chính và theo quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị.

         Như vậy, về nguyên tắc, ông A không hưởng lương từ quỹ tiền lương do Ban quản lý cửa khẩu quốc tế tỉnh chi trả, do đó không có cơ sở để chi trả thu nhập tăng thêm từ quỹ bổ sung thu nhập (được tính trên cơ sở quỹ tiền lương của đơn vị).

         4. Căn cứ Nghị định 141/2016/NĐ-CP, Quỹ khen thưởng được dùng để thưởng định kỳ, đột xuất cho tập thể, cá nhân trong và ngoài đơn vị (ngoài chế độ khen thưởng theo quy định của Luật thi đua, khen thưởng) theo hiệu quả công việc và thành tích đóng góp vào hoạt động của đơn vị. Mức thưởng do thủ trưởng đơn vị quyết định theo quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị.

         Như vậy, việc chi các khoản thưởng cho ông A căn cứ theo hiệu quả công việc và thành tích đóng góp của ông A vào hoạt động của đơn vị và theo quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị.