Theo quy định tại Khoản 3, Điều 12 và Điều 13, NĐ 16/2015/NĐ-CP về cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập đối với đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ chi thường xuyên: Hàng năm, sau khi hạch toán đầy đủ các khoản chi phí, nộp thuế và các khoản nộp ngân sách nhà nước khác (nếu có) theo quy định, phần chênh lệch thu lớn hơn chi thường xuyên (nếu có), ... phải trích tối thiểu 25% để lập Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp. Theo quy định nêu trên quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp được hình thành từ các nguồn kinh phí của đơn vị được sử dụng theo quy định, chứ không chỉ từ nguồn phí khấu trừ được để lại, do đó việc tính hao mòn/khấu hao tài sản mua sắm từ quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp không hạch toán theo nguồn.

 Theo quy định tại điểm b, Khoản 3, Điều 12 NĐ 16/2015/NĐ-CP quy định “Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp: Để đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, mua sắm trang thiết bị, phương tiện làm việc; phát triển năng lực hoạt động sự nghiệp; chi áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật công nghệ; đào tạo nâng cao nghiệp vụ chuyên môn cho người lao động trong đơn vị; ... để tổ chức hoạt động dịch vụ phù hợp với chức năng, nhiệm vụ được giao và các khoản chi khác (nếu có)”. Căn cứ quy định này Thông tư 107/2017/TT-BTC về chế độ kế toán hành chính sự nghiệp, hướng dẫn tài sản hình thành từ Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp dùng cho hoạt động dịch vụ phải tính khấu hao và hạch toán vào chi phí của đơn vị trong năm (TK 154, 642), trường hợp dùng cho hoạt động hành chính phải tính hao mòn và hạch toán vào chi phí của đơn vị trong năm (TK 611, ...), đồng thời kết chuyển nguồn theo quy định. Riêng tài sản hình thành từ quỹ phúc lợi dùng cho các hoạt động phúc lợi không phải hạch toán chi phí mà chỉ ghi giảm nguồn (Nợ TK 43122/Có TK 214).