Theo quy định tại khoản 1 Điều 6 Thông tư liên tịch số 09/2016/TTLT-BGDĐT-BTC-BLĐTBXH ngày 30/3/2016 của Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ Tài chính, Bộ Lao động – Thương binh và Xã hội hướng dẫn một số điều của Nghị định số 86/2015/NĐ-CP ngày 02/10/2015 của Chính phủ quy định về cơ chế thu, quản lý học phí đối với cơ sở giáo dục thuộc hế thống giáo dục quốc dân và chính sách miễn, giảm học phí, hỗ trợ chi phí học tập từ năm học 2015-2016 đến năm học 2020-2021 :

“Kinh phí thực hiện cấp bù học phí cho cơ sở giáo dục mầm non, phổ thông, giáo dục nghề nghiệp và giáo dục đại học công lập được ngân sách nhà nước cấp hàng năm theo hình thức giao dự toán. Việc phân bổ dự toán kinh phí thực hiện chính sách cấp bù học phí cho cơ sở giáo dục mầm non, phổ thông, giáo dục nghề nghiệp và giáo dục đại học công lập được thực hiện đồng thời với thời điểm phân bổ dự toán ngân sách nhà nước hàng năm.

Khi rút dự toán kinh phí cấp bù tiền miễn, giảm học phí, cơ sở giáo dục mầm non, phổ thông, giáo dục nghề nghiệp và giáo dục đại học công lập phải gửi cơ quan Kho bạc nhà nước nơi đơn vị giao dịch bản tổng hợp đề nghị cấp bù tiền học phí miễn, giảm (gồm các nội dung: Họ tên người học thuộc diện được miễn, giảm học phí hiện đang theo học tại trường; mức thu học phí của nhà trường; mức học phí miễn, giảm và tổng nhu cầu kinh phí đề nghị cấp bù).

Nguồn kinh phí ngân sách nhà nước cấp bù tiền học phí miễn, giảm cho cơ sở giáo dục mầm non, phổ thông, trung tâm giáo dục thường xuyên; cơ sở giáo dục nghề nghiệp và giáo dục đại học công lập được tự chủ sử dụng theo quy định hiện hành về chế độ tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập.”

Như vậy, khi rút dự toán kinh phí cấp bù tiền miễn, giảm học phí thì cơ sở giáo dục mầm non, phổ thông, trung tâm giáo dục thường xuyên hạch toán khoản này vào tài khoản tiền gửi thu phí, lệ phí tại kho bạc nhà nước nơi giao dịch và được tự chủ sử dụng theo quy định hiện hành về chế độ tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập.