Căn cứ điểm a khoản 1 Điều 19 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 quy định các trường hợp hoàn thuế: “Người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu nhưng không có hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu hoặc nhập khẩu, xuất khẩu ít hơn so với hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu đã nộp thuế”;

Căn cứ Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 9 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC quy định về “Khai bổ sung hồ sơ hải quan hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu”;

Căn cứ Điều 129 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 63 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC quy định về “Thủ tục tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế”;

Căn cứ Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 65 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC quy định về “Xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn”;

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp tờ khai nhập khẩu 106209883250 ngày 13/5/2024 mặt hàng Thạch cao (theo CO Form D số E-CO/23131002 ngày 17/7/2023 với khối lượng là 5.000 tấn và số thuế GTGT hàng nhập khẩu: 291.047.500 VNĐ. Tờ khai này có đăng ký kê khai trừ lùi với số phiếu TD trừ lùi C/O: 78/HQLB-TLCO ngày 13/4/2024. Tuy nhiên tính đến ngày 17/7/2024 (hết thời hạn C/O), Công ty mới nhập khẩu được 4.805,44 tấn/5.000 tấn với số thuế GTGT hàng nhập khẩu chính xác phải nộp là 284.316.870 VNĐ số tiền thuế chênh lệch dư là: 11.524.630 VNĐ. Trường hợp đáp ứng quy định về khai bổ sung hồ sơ hải quan tại Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 9 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC thì Công ty phải khai bổ sung tờ khai để khai báo lại số lượng hàng hoá thực tế đã nhập khẩu. Thủ tục xử lý tiền thuế đã nộp được hoàn thực hiện theo quy định tại Điều 129, Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 63, khoản 65 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC. Đề nghị Công ty liên hệ với Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai để được hướng dẫn xử lý.