Trong những năm 1981 - 1985, chất lượng công tác quản lý NSNN của Kho bạc trực thuộc Ngân hàng được nâng lên một bước.

Về thu, cùng với cơ quan Tài chính đồng cấp, kho bạc đã đôn đốc các đơn vị kinh tế những khoản phải nộp và phân chia số thu được vào các quỹ của các cấp Ngân sách theo tỷ lệ điều tiết quy định. Về chi, việc cấp phát kinh phí Ngân sách cho các đơn vị dự toán được kho bạc đảm nhiệm trên nguyên tắc sát với khối lượng công việc hàng tháng, hàng quý, không phát quá hạn mức được ngành tài chính phê chuẩn và theo đúng loại, khoản, hạng và một số mục chủ yếu của Mục lục Ngân sách Nhà nước. Về cơ bản, kỷ luật thanh toán trong nền kinh tế quốc dân ban hành theo Quyết định của Hội đồng Bộ trưởng số 172 ngày 9/10/1982 được đảm bảo, trong đó thứ tự ưu tiên: Chi trả lương, các khoản nộp Ngân sách, sau đó mới đến thanh toán các khoản nợ khách hàng và ngân hàng.

Tuy nhiên, trong giai đoạn này, ở một số địa phương nhất là một số tỉnh miền Nam, do kho bạc chưa kiểm tra chặt chẽ việc phân loại nội dung các khoản thu của các đơn vị nộp tiền, nên còn xảy ra một số trường hợp quỹ của Ngân sách TW bị Ngân sách địa phương chiếm dụng. Về chi, có lúc có nơi do coi đơn vị dự toán thuần tuý như một khách hàng giao dịch, nên kinh phí hạn mức rút ra ở ở kho bạc chưa được xem xét kỹ, nhất là các khoản chi về Hội nghị, mua sắm, sửa chữa... Ngoài ra, do tiền mặt và Ngân sách bị bội chi liên tục, nên hiện tượng tranh chấp nguồn vốn giữa Ngân hàng và Ngân sách tồn tại khá lâu.